5.Universitas Atma Jaya Yogyakarta (UAJY)
Peringkat nasional : 56
Peringkat dunia : 3.836
6.Universitas Sanata Dharma (USD)
Peringkat nasional : 60
Peringkat dunia : 4.108
7.Universitas Alma Ata Yogyakarta
Peringkat nasional : 71
Peringkat dunia : 4.692
8.Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta
Peringkat nasional : 80
Peringkat dunia : 5.078
9.Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa (UST) Yogyakarta
Peringkat nasional : 90
Peringkat dunia : 5.275
10.Universitas Mercu Buana Yogyakarta
Peringkat nasional : 112
Peringkat dunia : 5.639